O mais provável que tenha acontecido é que você esteja cadastrado em duas empresas com CNPJs diferentes na plataforma da Caju e só uma delas realizou o pagamento que apareceu para você no extrato.
As carteiras de saldo de cada uma das empresas nas quais você tem cadastros ficam separadas. É como se você tivesse 2 Cajus no mesmo cartão físico e no mesmo app. No vídeo abaixo você confere como você pode trocar de empresa logada, é bem simples.
Ao realizar compras (online ou presencialmente), o saldo utilizado será sempre o do Caju da carteira da empresa em que você estiver logado no app naquele momento. Você pode transitar entre as carteiras das duas empresas no seu aplicativo sempre que precisar, mas não conseguirá transferir saldos de uma empresa para a outra, ok?